生物医学文本挖掘研究组

小组介绍

生物医学文本挖掘研究组专注于研发基于自然语言处理和生物信息学的文本挖掘的人工智能算法。致力于将非结构化的、海量的生物医学及临床资料构建为结构化的生物医学知识图谱。

研究领域:自然语言处理(信息抽取、文本表示)、生物医学文本挖掘、知识图谱(语义网)的构建与分析。

研究方法:深度学习、语义分析、机器学习。

应用领域:生物医学、社交媒体。

小组组长

李辰 博士,教授,博士生导师

李辰,英国剑桥大学博士,美国麻省理工学院博士后,剑桥大学海外Fellowship获得者,欧洲分子生物实验室Fellowship获得者, 中组部“千人计划”青年人才和西安交通大学“青年拔尖人才计划”获得者。他目前任职于西安交通大学电信学院计算机科学与技术系, 担任教授、博士生导师。

李辰老师曾长期在全球最大的生物信息研究所—欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)从事生物医学文本挖掘的研究、开发工作。 他主导开发的BioModels数据标准系统曾被评为系统生物学领域最重要资源(E. Klipp, et al., Nature Biotechnology,2007), 《Nature》出版社也曾经就该系统进行过专访。该系统一经问世,就得到广泛关注和支持。 迄今为止,多家顶级国际学术出版机构中超过200多个期刊支持BioModels,并推荐投稿人将数据存入该平台。 这些出版机构包括Nature出版社的Molecular Systems Biology、Public Library of Science出版社的所有期刊、Royal Society of Chemistry旗下的所有期刊和BioMed Central出版社的所有期刊。 2014年,欧盟在其提出的欧洲生物信息架构计划(ISBE)的详细方案书中阐述了关于建立一个泛欧洲系统生物架构的迫切需要。 BioModels被欧盟作为一个成功案例在欧洲生物信息架构计划(ISBE)的方案书中进行了分析。

2016年,李辰所带领的团队在生物文本挖掘的国际比赛BioNLP上,取得了SeeDev任务的第一名。 他在生物文本挖掘领域已取得多项创新成果,所取得的成果达到国际领先水平。成果已发表在国际知名期刊和顶级会议。 这些论文已被国际同行大量引用。例如,其发表在《BMC Systems Biology》的学术论文是该期刊创刊以来所有文章中被引用第四高的文章。

基于其在相关领域所做贡献,李辰已受邀担任多个国际期刊和会议审稿人和项目评审人:英国最大的生物科学领域科研基金BBSRC(Biotechnology and Biological Sciences Research Council)的项目评审人和自然语言处理的顶级国际会议EMNLP和NAACL的组委会成员。 并且担任生物信息领域国际期刊Bioinformatics和Journal of Biomedical Semantics的审稿人、自然语言处理领域的国际顶级会议ACL(Association for Computational Linguistics)、和RANLP的审稿人。

小组成员

老师:李辰

博三:郝亚洲

博二:李质婧

博一:李羽霏、和凯

研一:兰阳阳、娄沛良、龙雨、王轩

项目与演示

  • 西安交通大学,青年拔尖人才计划A类,2016/02-2022/02,200万元,在研,主持。
  • 中组部“千人计划”青年项目,2016/3-2019/3,300万元,在研,主持。
  • 教育部“中国移动基金”,MCM20160404,网络教育资源及网络学习行为质量评价体系及系统研究,2016/12-2018/12,100万元,在研,主持
  • 国家卫计委“全民健康信息化调查报告”项目,2017,在研,主持
  • 联系我们:

    地址:彭康楼
    联系人:李辰
    联系电话:15802902703
    Email:cli@xjtu.edu.cn